地球科学与工程系总支设总支书记1名，总支副书记1名，组织委员、宣传委员、纪检委员各1名。

地球科学与工程系党总支下设机构有：综合办公室、地质教师党支部、测绘教师党支部、学生第一党支部、学生第二党支部、分团委、学生会及分工会等机构。

地球科学与工程系行政教学下设机构有：综合办公室、测绘工程教研室、勘查技术与工程教研室、地质工程教研室、地理信息科学教研室、遥感科学与技术教研室、无人机航测与环境监测工程中心、地质灾害防治与生态修复研究所、测绘实验中心、地质实验中心及生态修复创新团队等。